Oskar Kolberg zmarł 3 czerwca 1890 roku. Ostatnie lata życia spędził w Krakowie (w 1884 roku mieszkał przy ulicy Floriańskiej 53, w 1886 roku przy ulicy Warszawskiej 4, w 1888 roku przy ulicy Pędzichów 3, do lipca 1889 roku przy ulicy Długiej 3, a następnie przy ulicy Sławkowskiej 29).
Ostatnim lokum Oskara Kolberga było mieszkanie jego przyjaciela i lekarza, Izydora Kopernickiego, który opiekował się coraz bardziej chorym badaczem. Kopernicki był też mianowany, obok pastora Gabrysia, wykonawcą testamentu etnografa. W swojej ostatniej woli Oskar Kolberg rozdysponował niewielki kapitał oraz spuściznę naukową i zbiory etnograficzne z nadzieją, że zostaną wydane drukiem i służyć będą nauce polskiej:
„Książki, rękopisma w tekach, rysunki, nuty i tp. materiały oddaję do dyspozycji memu przyjacielowi Doktorowi Izydorowi Kopernickiemu. Odda on Akademii co za stosowne uzna – Co do wydawnictwa pod swoją opieką i kierunkiem porozumie się z Akademią Umiejętności i z Kasą Mianowskiego, a nikt Doktora Izydora Kopernickiego pod tym względem krępować, ani kontrolować nie ma prawa. – Z pozostałej gotówki, wynoszącej akurat dwa tysiące pięćset złr, przeznaczam na pogrzeb mój 200 złr. a nadto 300 złr. czyli razem 500 złr. do rąk Pastora Gabrysia, który kwotę 300 złr. użyje według danych mu wskazówek na cele dobroczynne i na potrzeby Kościoła, na pomnik lub tablicę pamiątkową itd. – na co daję jeszcze dwieście złr. – czyli razem z kosztami pogrzebu siedemset złr do rąk Pastora Gabrysia. – Drukarzowi Łysakowskiemu z Drukarni Uniwersyteckiej sto złr. Drukarzowi z tejże drukarni Blaszkiemu i Garsteckiemu każdemu po pięćdziesiąt złr.
Resztę gotówki po opędzeniu wydatków ostatnich dni życia mego i po moim pogrzebie, oddaję do rozporządzenia Doktora Izydora Kopernickiego na koszta wydawnictwa „Rusi Chełmskiej” i innych materiałów. – Książki wydane moim nakładem, a znajdujące się w drukarniach i w księgarniach w Krakowie i Warszawie, mój pełnomocnik Adw. Doktor Stanisław Abramowicz sprzeda której bądź firmie w Krakowie lub Lwowie czy Warszawie, a po spłaceniu długów i rachunków z drukarniami, kosztów przeprowadzenia tego interesu,- pozostałą resztę wyda mojej synowicy, Karolinie Wąsowskiej w Sandomierzu na potrzeby jej córek z Kolberga spłodzonych. Wieniec srebrny i medal z wystawy Paryskiej oraz korespondencje odda Pan Doktor Kopernicki Bibliotece Jagiellońskiej. – Odzież, bieliznę i pościel do dyspozycji Pastora Gabrysia na ubogich gminy ewangelickiej. [...] Kraków dnia 3 czerwca 1890”.
Po śmierci Kopernickiego (już w 1891 roku) czterdzieści dwie teki z materiałami etnograficzno-folklorystycznymi, rękopisy muzyczne i korespondencja znalazły się w zbiorach Akademii Umiejętności. Do Biblioteki Jagiellońskiej trafiło kilka książek z biblioteki podręcznej Kolberga. Po 1945 roku okazało się, że działania wojenne spowodowały zniszczenie, zaginięcie i rozproszenie części spuścizny. Niemcy spalili wraz ze zbiorami Poznańskiego Towarzystwa Naukowego wypożyczoną z Krakowa część korespondencji. W Warszawie spłonęło Archiwum Kolbergów zdeponowane w Bibliotece Krasińskich. W Modlnicy, po przejściu frontu, żołnierze rosyjscy spalili część archiwum Konopków i w tym prawdopodobnie Kolbergiana.
Obecnie zasób rękopiśmienny Kolberga przekazany testamentem Akademii Umiejętności znajduje się w dwóch zespołach: jako depozyt w Archiwum Polskiego Towarzystwa Ludoznawczego oraz w Bibliotece Naukowej PAU-PAN w Krakowie. W posiadaniu PTL znajduje się także zakupiona w antykwariacie w 1959 roku część archiwum z Modlnicy. Większy zespół posiada Biblioteka Uniwersytecka w Warszawie (teka z materiałami z Przemyskiego). Warszawskie Towarzystwo Muzyczne przechowuje autografy kompozycji Kolberga. Cimelia muzyczne, zespoły korespondencji i pojedyncze listy znajdują się w zbiorach Ossolineum we Wrocławiu, Biblioteki Narodowej, Biblioteki Jagiellońskiej, Biblioteki Państwowej we Lwowie. Muzeum Uniwersytetu Jagiellońskiego posiada wieniec srebrny laurowy podarowany Kolbergowi przez wydawców warszawskich podczas jubileuszowego koncertu w 1889 roku. W zbiorach Państwowego Muzeum Etnograficznego w Warszawie jest portret Kolberga namalowany przez Tadeusza Konopkę w Modlnicy. Muzeum Etnograficzne im. Franciszka Kotuli, Oddział Muzeum w Rzeszowie posiada zbiór ikonografii z kolekcji Kolberga (przypuszczalnie z Modlnicy), m.in. rysunki Antoniego Kolberga i Karola Marconiego oraz Wojciecha Gersona.
Kolberg na przełomie dwu wielkich epok, romantyzmu i pozytywizmu, stworzył i później konsekwentnie realizował wielki program kompleksowych badań kultury ludowej ziem dawnej Rzeczypospolitej. Dał tym samym polskiej etnografii i folklorystyce podstawy materiałowe – zespół źródeł zebranych i opracowanych według jednolitego planu. Żaden naród nie ma tak bogatych zbiorów dokumentujących stan kultury ludowej w okresie, gdy industrializacja i gwałtowne przemiany społeczne przyspieszały jej naturalną zmienność. Badacze współcześni mają niezwykle bogaty materiał porównawczy, pozwalający śledzić przemiany we wszystkich prawie dziedzinach życia ludu na przestrzeni już stu pięćdziesięciu lat. Dokonał tego jeden człowiek – bo choć odwoływał się do współobywateli, odpowiedzieli mu nieliczni i ich pomoc w uzyskaniu źródeł była niewspółmierna do wkładu pracy Kolberga. Zwłaszcza niezwykle bogate źródła z zakresu muzyki ludowej stworzone zostały jego własnym wysiłkiem.
